Για τον υπολογισμό των προστίμων, που καλούνται να καταβάλουν οι ιδιοκτήτες των αυθαιρέτων, λαμβάνονται υπόψη:
1. Η ύπαρξη οικοδομικής άδειας.
2. Η θέση του κτίσματος σε περιοχή εντός ή εκτός σχεδίου.
3. Το είδος του ακινήτου (κύρια και μοναδική κατοικία, άλλη χρήση κ.λπ.)
4. Ο τύπος της πολεοδομικής παράβασης (κατ’ επέκταση ή / και καθ’ ύψος υπέρβαση δόμησης / κάλυψης, παραβίαση πλάγιων αποστάσεων ή / και οικοδομικής γραμμής).
5. Η αυθαίρετη αλλαγή ως προς τη χρήση της οικοδομικής άδειας.
6. Η τιμή ζώνης, βάσει του συστήματος αντικειμενικών αξιών.
7. Κάθε άλλο είδος αυθαίρετης κατασκευής (π.χ. πισίνες).
8. Υπό προϋποθέσεις, κοινωνικά κριτήρια.
Με πλήρη ευθύνη του ιδιοκτήτη και του μηχανικού υποβάλλεται από τον ιδιοκτήτη, ή τον νόμιμο εκπρόσωπό του, στην αρμόδια Πολεοδομική Υπηρεσία ή στο ΚΕΠ έως 31.12.2011, φάκελος με τα εξής δικαιολογητικά:
1. Αίτηση
2. Παράβολο υπέρ του ελληνικού δημοσίου (500Ÿ, 1000Ÿ ή 2000Ÿ, ανάλογα με το μέγεθος και το είδος της αυθαίρετης κατασκευής)
3. Έντυπο υπολογισμού του ειδικού προστίμου
4. Υπεύθυνη δήλωση Ν.1599/86 με τα στοιχεία της αυθαίρετης κατασκευής.
Το έντυπο υπολογισμού θεωρείται από την Πολεοδομική Υπηρεσία προσωρινά (σε περίπτωση εξόφλησης με δόσεις) ή οριστικά (σε περίπτωση εφάπαξ εξόφλησης) και με αυτό ο ιδιοκτήτης πληρώνει στις τράπεζες το πρόστιμό του.
Από το ΥΠΕΚΑ δόθηκαν στη δημοσιότητα, τα ακόλουθα ενδεικτικά παραδείγματα για το ύψος των προστίμων.